Mojtaba Khamenei s-a născut la Mashhad în 1969. După Revoluția Islamică din 1979, Mojtaba s-a stabilit la Teheran, unde a studiat la liceul Alavi, instituție asociată cu formarea unor viitori membri ai elitei politice.
Și-a aprofundat studiile religioase la Teheran și Qom, sub îndrumarea unor clerici conservatori de marcă, printre care ayatollahul Mohammad-Taqi Mesbah Yazdi.
Al doilea fiu al lui Ali Khamenei, Mojtaba, este cunoscut pentru influența semnificativă pe care o exercită în culise și are legături puternice cu Garda Revoluționară Islamică (IRGC), cea mai puternică instituție militară din țară, precum și cu forța paramilitară voluntară Basij.
Timp de mai bine de 27 de ani, el a acționat în culise ca gardian al tatălui său și este cunoscut pentru presupusa implicare în manipularea rezultatelor alegerilor și în reprimarea protestelor. Potrivit rapoartelor străine, influența sa s-a extins la aproape toate sferele afacerilor de stat, de la numirile în mass-media la conducerea universităților, precum și la deciziile privind războiul regional împotriva Israelului și proiectul nuclear al Iranului, scrie Israel Hayom.
În 2019, Departamentul Trezoreriei SUA i-a impus sancțiuni, susținând că el reprezenta liderul suprem și că îi fusese delegată autoritatea, deși nu fusese ales sau numit oficial într-o funcție guvernamentală. Potrivit oficialilor americani, Mojtaba Khamenei a lucrat în coordonare cu comandantul Forței Quds, Qassem Soleimani, și cu miliția Basij.
O anchetă Bloomberg publicată în ianuarie 2026 a dezvăluit ceea ce a descris ca fiind o rețea financiară secretă legată de el, incluzând proprietăți imobiliare în Londra și Dubai și conturi gestionate prin intermediari în diferite țări.
Mojtaba a luptat în războiul Iran-Irak între 1987 și 1988. Înainte de moartea tatălui său, el a predat teologia la Seminarul din Qom.
S-a căsătorit cu Zahra Haddad-Adel în 2004.
Transferul de la tată la fiu în cazul unui lider suprem ar putea stârni furia nu numai a iranienilor care critică deja conducerea clericală, ci și a susținătorilor sistemului. Unii ar putea considera acest lucru ca fiind neislamic și în concordanță cu crearea unei noi dinastii religioase după prăbușirea, în 1979, a guvernului șahului Mohammad Reza Pahlavi, susținut de SUA.